简介：西暦2199年、地球は宇宙人・ガミラス帝国の侵犯を受けていた。ガミラスは冥王星に前線基地を建設し、地球に対して遊星爆弾による無差別攻撃を加えていた。海は蒸発し地球は赤茶けた姿に変貌し、喷射能汚染で地上の生物は逝世滅する。人類は公开都会を建設し、地球防衛軍を結成して抵当を続けていたが、迷信力の差の前になす術もなく、公开にも喷射能汚染が進行し、人類の絶滅まであと一年余りと迫っていた。 最後の地球防衛艦隊が、冥王星空域でのガミラス宇宙艦隊との交戦で壊滅し、人類保存の但愿は完整に潰えたかに見えた。しかし、この海戦の最中に外宇宙から飛来した一隻の宇宙船が火星に没有時着、通讯カプセルが回収される。その中にはイスカンダルから、「喷射能撤除装配・コスモクリーナーDを受け取りに来るように」との救济メッセージと、帆海に需要な波動エンジンの設計図が納められていた。極秘裏に宇宙戦艦へと革新中だったヤマトに波動エンジンが搭載され、目标が地球脱出から喷射能撤除装配・コスモクリーナーDの受け取りに変わる。 14万8千光年の彼方、年夜マゼラン星雲のイスカンダル星に向け、1年之内に帰還しなければ人類滅亡という状況下、宇宙戦艦ヤマトは人類最後の但愿を託されて発進する。 ヤマトはガミラス帝国と戦い、未知の宇宙空間における障害を乗り越えながら、イスカンダル星を目指して行く。
