简介：自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体以后，便起头对于它停止研讨，厥后有人重修进去所谓的“神之说话”，并成立电脑程式以启动原始索哈尔，停止以及上位范畴的U-DO(上位范畴傍边的白色动摇存正在)保持的保持尝试，但很可怜地，从上位范畴流入下位范畴的能量形成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“掉落耶路撒冷”)简直完从从宇宙中“消逝”，人类因此自愿流亡，分开地球。 到了四千年多后，正在故事起头前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)迸发了所谓的米尔奇亚抵触事务，正在这次事务傍边，米尔奇亚行星的人类疑似受到了格诺西斯(Gnosis)的进犯，并正在抵触事务后消逝，但事务的本相却由于米尔奇亚的消逝而鲜为人知。正在事务后，启动原始索哈尔（厥后人类制作出了十二具索哈尔模仿体，是以原本的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之说话、原始索哈尔的研讨功效、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存正在Y材料傍边，而Y材料又被封存正在百式不雅测用分解人(Relian)M.O.M.O.的认识内，但是这么做却惹起了各方权力对于M.O.M.O.的抢夺，是以星团联邦当局(游戏中统治各行星的当局，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以庇护M.O.M.O.的平安。 另外一方面，正在米尔奇亚抵触事务竣事后的十多少年，也便是年夜约正在游戏EPI起头的时辰，那时最年夜的企业贝克达公司以匹敌格诺西斯扰乱的名义，停止对于格诺西斯用战役刀兵KOS-MOS的开辟打算，但以及那时多利用分解人(Relian)与生化人(Cyborg)的环境所分歧的是，KOS-MOS是个地道的机器成品。另外一方面，正在EPI起头时，介入KOS-MOS开辟打算的贝克达公司第一开辟局研讨职员卯月紫苑，正乘着那时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船停止旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所进犯，而KOS-MOS也正在此时俄然启动，卯月紫苑因此被卷入连续串以及格诺西斯及索哈尔无关的诡计，和会改动人类运气的事务傍边………
